毛細血管電泳儀采用的是以彈性石英毛細管為分離通道，以高壓直流電場為驅動力，依據樣品中各組分之間淌度和分配行為上的差異而實現分離的電泳分離分析方法。原理是熔融石英毛細管的兩端分別浸在含有電解緩沖液的貯液瓶中，毛細管內也充滿同樣的電解緩沖液。

　　在毛細管接收端之前安裝在線檢測系統。被分析樣品可以從進樣系統采用重力法、電遷移法、抽真空法等多種進樣方式引入到毛細管的進樣端。當樣品被引入后,便開始在毛細管兩端施加電壓。樣品溶液中溶質的帶電組分在電場的作用下根據各自的荷質比向檢測系統方向定向遷移。

　　毛細血管電泳儀凝膠電泳分離原理：

　　凝膠電泳是凝膠移到毛細管中用為支撐物進行分離的區帶電泳。凝膠是一種固態的分散的體系。具有多孔性，類似于分子篩的作用，被分離物在通過裝入毛細管內的凝膠力，按照各自分子的體積大小逐一分離，分子體積大的首先被分離出來，適用于生物大分子的分析，可純粹按分子體種大小進行分離，以決定蛋白質的分子量，可以識別一個堿基差異的寡核苷酸，可分離DNA片段，如微衛星分析，可改變凝膠的濃度不控制分離的范圍，如PCR產物的分析。